A avaliação institucional pelo sistema Sinaes compõe-se de aplicação de questionários a seis grupos diferentes da comunidade acadêmica: a) corpo discente (estudantes); b) corpo docente (professores); c) corpo técnico (funcionários); d) coordenadores de curso; e) egressos (ex-alunos); f) sociedade civil (comunidade em geral). Três são as fases do processo de avaliação institucional:
1ª- Fase inicial/preparatória – Refere-se à etapa da constituição da CPA- Comissão Própria de Avaliação, organização de todas as tarefas que envolvem o processo avaliativo, distribuição de atividades e definição do calendário dos trabalhos.
2ª- Fase de desenvolvimento – Refere-se ao processo de divulgação do novo sistema, sensibilizando a comunidade envolvida nesta sistemática avaliativa da IES. O que busca-se aqui é levar à comunidade, onde está inserida a instituição de ensino, a importância da implementação do sistema para a melhoria da qualidade da educação superior. A CPA, para tanto, deverá repassar ao MEC, periodicamente, relatórios das atividades desenvolvidas, informando o real estado do processo de avaliação na IES objeto da avaliação.
3ª- Etapa da Consolidação – Refere-se às atividades de tabulação dos resultados da avaliação da IES, com a leitura dos questionários aplicados a cada grupo pesquisado. Neste sentido, ter-se-á que se proceder à feitura do relatório final da avaliação, para que se possa visualizar os resultados do diagnóstico institucional. Estes resultados servirão para se ter dimensão dos problemas e questões que mais preocupam à comunidade frente à atividade de ensino superior da IES pesquisada. Neste sentido, as próprias entidades de educação superior poderão utilizar-se dos resultados das pesquisas para poderem analisar problemas e proporem soluções. Por fim, o relatório final será enviado ao MEC (INEP) para conhecimento, dentro de prazo pré-estabelecido em calendário.